2月28日修订、6月1日正式施行的《水污染防治法》与修订前的《水污染防治法》相比，把水污染防治、饮用水源保护的责任人具体到了政府、环境保护主管部门、水行政主管部门、海事管理机构、渔业主管部门等行政部门以及排污企业，从而使水污染防治和水资源保护的责任更加明确。
针对修订前的《水污染防治法》“守法成本高，违法成本低”的现象，新修订的《水污染防治法》加大了处罚力度，进一步体现了“责任公平”这一法律价值取向。
一是扩大了地方政府的责任。新修订的《水污染防治法》扩大了县级以上地方人民政府在水污染防治、保护饮用水源的责任。
第一，规定了县级以上人民政府对本行政区域的水环境质量负责，引入了地方政府的水环境保护目标责任机制和考核评价制度，增强了地方政府与主管人员的责任意识。第二，确定了总量控制的责任。如果地方的重点水污染物排放超过总量控制指标，那这一地区将受到“流域限批”的制裁。第三，明确了当地政府对建设不符合国家产业政策、严重污染水环境小型生产项目责令关闭的责任。第四，规定了在饮用水源保护区内设置排污口的限期拆除、强制拆除的责任。明确规定在饮用水源一级保护区内建设与保护水源无关的建设项目、在二级保护区内建设有污染物排放的建设项目、在准保护区内建设严重污染的建设项目，或改建建设项目增加排放量的拆除和关闭的责任。
二是增设了环境保护主管部门及相关负有管理职责部门的责任。
首先，增设了环境保护主管部门限期治理的职责。新修订的《水污染防治法》第七十四条规定，排放水污染物超过国家和地方的水污染物排放标准，或者超过重点水污染物排放总量控制指标的，由县级以上人民政府环境保护主管部门按照权限责令限期治理。而依据修订前的《水污染防治法》，环保部门并没有限期治理权。
此外，新修订的《水污染防治法》还规定，环境监测机构应当接受水污染环境的损害赔偿责任和赔偿金额的纠纷当事人的委托、如实向其提供监测数据的责任。
其次，增设“船舶水污染防治”一节，对船舶水污染防治进行了规定，明确了海事管理机构、渔业主管部门的管理责任。
三是扩大了排污者的责任，加大了处罚力度。
第一，新修订的《水污染防治法》第九条进一步明确了排污者“超标即违法”的责任，第七十四条规定对超标所承担的责任。第二，增加了重点排污企业应当安装水污染排放自动监测设备，与环保部门的监控设备联网，并保证监测设备正常运行以及按规定对所排放的工业废水进行监测并保存原始监测记录的责任。第三，增加了排污企业的治理责任。对新修订的《水污染防治法》第七十六条列举的8种违法行为和违反规定造成水污染事故的，企业有采取治理措施及时消除污染的责任，加大了水环境生态保护力度。第四，对可能发生水污染事故的排污企业规定了制定水污染事故的应急方案与发生水污染事故及时启动应急方案、采取应急措施的责任，这条规定充分考虑到水污染事故的特殊性，增强了排污企业环境安全生产的责任意识。第五，规定排污方的举证责任。因水污染引起的损害赔偿诉讼中，由排污方就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任。第六，加大了各种违法行为的处罚力度，增加了对应当处以罚款的违法行为的罚款数额。
另外，新修订的《水污染防治法》还明确规定了违反《水污染防治法》相关规定的监督管理人员、管理相对人依法应承担的行政责任与刑事责任。
