排污收费属于政府性收费，也即国家机关及其授权单位为特定事由向直接责任人或受益者所收取的费用。我国的行政事业性政府收费大体上可以分为两大类：一是以服务为事由的收费，如路、桥等公用设施的使用、政府出版物的出售及为企业定向培训、开拓市场等特殊服务的收费，可称为服务型政府收费；二是以管理为事由的收费，包括证照签发及注册登记费、特许使用权费、特殊产业监督管理费和环保收费四类，可称之为管理型政府收费。根据以上分类，政府收费的功能一般也主要有两种类型，一是补偿（筹资）型收费，二是管理型收费。服务型政府收费的收费对象一般有两个重要特征：一是关系国计民生；二是具有“自然垄断性”；管理型政府收费主要是作为一种管理阶段，也即我们通常所说的经济手段，与法律手段、行政手段一样为实现有效管理服务，其目标是强化管理而不是补偿成本或筹资。从改革趋势看，服务型政府收费将会逐步减少，或由政府定价（制定收费标准）逐步改为政府指导价，而管理型政府收费将是政府收费的主要方面。
人们对排污收费属于政府性收费一般不持异议，但对其具体属性却一直有不同看法，有人认为排污费是排污单位对环境损害的补偿，也有人认为排污费是保护环境的经济手段，还有人认为排污费是一种特殊的税收形式，甚至有人认为排污收费是一种筹资形式。现行排污收费制度所面临的困难，在很大程度上与人们对其性质认识不一有关。
笔者认为，判断排污收费的性质，要从整个国家行政机关收费以及排污收费本身两方面共同考虑。综合来看，排污费属于管理型政府收费，是政府管理手段的延伸，其主要目标是促进排污单位加强经营管理。排污收费制度作为国家保护环境的经济手段，与行政手段、法律手段等相比，它具有更加灵活、更具针对性、管理成本更低的特点。正确认识排污费的性质对成功进行排污收费制度改革具有极为重要的意义。实践中，排污费常被作为筹措资金手段或是对“环境损害的补偿”。认为排污费是对“环境损害补偿”的观点有其合理性，但由于“环境损害计量”问题一直是困扰环境经济学的一个难题，这种观点也自然难有很强的说服力。也正因为定量评价环境损害非常复杂，以致按此观点制定排污收费政策，或是对公众进行宣传时，往往很难讲清楚。
笔者认为，这种看法不宜作为制定排污收费制度的根本依据。另一种看法是将排污费作为筹措环保资金的手段，造成这种状况的原因主要有：一是其他污染治理资金渠道不畅通，排污费成为污染治理的重要资金来源；二是环保部门业务经费不足，现有政策本身也认可“经费不足收费补”的做法，排污费也就自然地成为环保部门的“生命线”；三是现行排污收费标准低，削弱了其管理力度，事实上也就强化了筹资作用。无论将排污收费作为“筹措奖金手段”或是“环境损害补偿”的观点有多少现实合理性，它们都不同程度地弱化了排污收费制度的管理职能。
排污收费制度管理职能的弱化，不仅使排污收费制度迷失了其根本目标，事实上也不同程度地损害了排污收费制度的形象。特别是当排污费实际上成为污染治理资金以及环保自身建设资金的重要来源时，人们就会希望收费越多越好；而排污费的管理属性在本质上并不具有这种要求，相反其性质将决定排污费有越收越少的趋势。上述矛盾在实践中不仅事实存在而且相当尖锐，在实际执行中，人们又常常从自身利益考虑，所以很容易导致乱收费、乱管理、乱使用等问题，从而损害了环保部门的形象。
因此，笔者认为改革排污收费制度，首先应正确认识排污费的性质，明确排污费是国家管理环境的经济手段，其主要目标是促进排污单位加强经营管理。对于现实中出现的上述矛盾，其改革方向是强化管理职能而弱化筹资职能，这种方向与政府收费的性质及其改革目标是完全一致的。从收费管理理论来说，一项收费也不宜具备多种功能，其目标更不能相互排斥。排污收费制度作为保护环境的经济手段，所征收的排污费只能作为环保资金的必要补充，大规模的环保投入（治理投入及自身建设投入）应通过其他渠道进行。在排污收费制度改革中只有充分体现上述思路，改革才能取得成功，排污收费制度也才能更好地发挥其管理作用。
