排污收费制度，是指向环境排放污染物或超过规定的标准排放污染物的排污者，依照国家法律和有关规定按标准交纳费用的制度。征收排污费的目的，是为了促使排污者加强经营管理，节约和综合利用资源，治理污染，改善环境。
排污收费制度是“污染者付费”原则的体现，可以使污染防治责任与排污者的经济利益直接挂钩，促进经济效益、社会效益和环境效益的统一。征收的排污费作为重点污染源治理补助资金和环境综合整治资金。排污单位出于自身经济利益的考虑，必然加强经营管理，提高管理水平，以减少排污，并通过技术改造和资源能源综合利用以及开展节约活动，改变落后的生产工艺和技术，淘汰落后设备。大力开展综合利用和节约资源、能源，提高资源、能源的利用率，推动企业、事业单位的技术进步，提高经济和环境效益。
我国《环境保护法》第二十八条规定，排放污染物超过国家或者地方规定的污染物排放标准的企业事业单位，依照国家规定缴纳超标准排污费，并负责治理。征收的超标准排污费必须用于污
染防治，不得挪作他用。第三十五条规定，不按国家规定缴纳超标准排污费的，给予警告或处以罚款。《大气污染防治法》、《水污染防治法》、《环境噪声污染防治法》也都作了明确规定。大气污染防治法规定凡向大气排放污染物的单位，环境噪声污染防治法规定凡向生活环境排放噪声的单位和个人，都必须缴纳排污费。基于我国水资源短缺和水污染严重的实际，水污染防治法不但规定超标准排放污染物须缴超标准排污费，而且规定，企业、事业单位只要向水体排放污染物，都要按国家规定交纳排污费。为贯彻实施排污收费制度，国务院先后发布了《征收排污费暂行办法》、《污染源治理专项基金有偿使用暂行办法》等行政法规，对排污费的征收和使用等作了明确具体的规定。在其他环境保护法规中也有相应的规定。
排污费的征收是根据排污单位向当地环境保护部门申报登记排放污染物的种类、数量和浓度，经环境保护部门或其指定的监测单位核定按排污收费标准进行的。现行的征收排污费标准是国务院《征收排污费暂行办法》中规定的。除国家统一标准外，《办法》规定个别工业密集、污染特别严重的大、中城市，经国务院环境保护部门批准后，对收费的标准可作适当调整。对国家未规定的污染物，地方省级人民政府可制定地方的收费标准。1991年6月24日，经国务院批准，国家环境保护局、国家物价局、财政部联合发布了《关于调整超标污水和统一超标噪声排污费征收标准的通知》，废止了《征收排污费暂行办法》中“废水”的收费标准，并规定了噪声的收费标准。《办法》规定，对缴纳排污费后仍未达到排放标准的排污单位，从开征第三年起，每年提高征收标准5％。排污单位经过治理已经达标排放或减少了污染物排放量，可向当地环境保护部门申请，经监测属实，应当停止或减少收费。在1979年9月13日《中华人民共和国环境保护法(试行)》公布以后的新建、扩建、改建项目和技术改造项目，排放污染物超过标准的，以及有污染设施而不运行或擅自拆除，超标准排污的，应当加倍收费。
排污费按月或按季征收，排污单位不论其隶属关系和所有制关系如何，都必须根据当地环境保护部门的缴费通知单，在20天内向指定银行缴付，逾期不缴的，每天增收1%滞纳金。中央部署和省属企业的排污费，缴入省级财政，但经省级人民政府批准，可缴入当地财政。其他单位的排污费，缴入当地财政。企业单位缴的排污费，可以从生产成本中列支，提高征收标准的部分，在企业利润留成或企业基金中列支，也可在缴纳所得税后的利润中列支；事业单位的排污费，可从单位包干结余和预算外资金中列支，如果不足，可从事业费中列支。
征收的排污费纳入预算内，作为环境保护补助资金，按专项资金管理，由环境保护部门会同财政部门统筹安排使用，实行专款专用，先收后用，量入为出，不能超支、挪用。如有节余，可以结转下年使用。环境保护补助资金，应当主要用于补助重点排污单位治理污染源以及环境污染的综合性治理措施。交费单位在提出治理方案时，经主管部门审查，所需资金应首先利用自有资金解决，确实不足的，可向环境保护部门和财政部门申请补助，但一般不超过申请资金单位所缴纳排污费的80%，其余部分由各地环境保护部门掌握，主要用于补助环境保护部门的监测仪器设备购置费、业务活动补助费、综合性治理措施和示范、科研的补助费以及排污监理人员业务费用的补助费等。
1988年7月，国务院发布了《污染治理专项基金有偿使用暂行办法》，设立了“污染源治理专项基金”。基金由省(自治区，直辖市)、市、县环境保护部门设立，分级管理，独立核算，可以拆借使
用。基金实行有偿使用，委托银行贷款。基金从依据《征收排污费暂行办法》征收的超标准排污费用于补助重点排污单位治理污染源资金中提取。历年超标准排污费节余部分全部纳入基金。贷款利息；滞纳金和挪用贷款的罚息除按国家规定支付银行手续费外，其余全部纳入基金。基金主要用于重点污染源治理项目、“三废”综合利用项目、污染源治理示范工程，为解决污染，实行并、转、迁企业的污染源治理设施，基金的贷款对象为缴纳超标准排污费的企业。企业申请贷款，必须符合规定的条件。限期治理项目、污染严重亟待治理的项目、自筹资金占投资总额60％以上的项目优先给予贷款。基金由环境保护部门统一管理，会同财政部门下达贷款计划。贷款期限不得超过三年，环境保护部门可以对贷款企业豁免一定数额的贷款本金。豁免的数额一般不得超过历年纳入基金总额扣除历次豁免额后的余额。
